（1）按化学结构分为 有机杀菌剂、无机杀菌剂。（2）按杀菌剂的原料来源分为 无机类杀菌剂、有机硫杀菌剂、有机磷有机砷杀菌剂、取代苯类杀菌剂、唑类杀菌剂、铜类杀菌剂、抗菌素类杀菌剂、复配杀菌剂和其他杀菌剂。
（3）按杀菌剂的使用方式分为 保护剂、治疗剂、铲除剂、内吸剂和防腐剂。（4）按传导特性分为 内吸性杀菌剂和非内吸性杀菌剂。（5）按照作用专化性分为 多位点（非专化性）杀菌剂和单一位点（专化性）杀菌剂。
（6）按作用方式不同分为 保护性杀菌剂（接触性杀菌作用和残效性杀菌作用）和内吸性杀菌剂（向顶性传导和向基性传导）。（7）按使用方法分为 土壤处理剂、茎叶处理剂和种子处理剂。（8）按化学结构类型不同分为 氨基甲酸衍生物类杀菌剂、酰胺类杀菌剂、六元杂环类杀菌剂、五元杂环类杀菌剂、有机磷和甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂、铜类杀菌剂、无机硫类杀菌剂、有机砷类杀菌剂和其他类杀菌剂。
