目前，新型肺炎指的是新型冠状病毒肺炎，新型肺炎的原因是肺部感染了新型冠状病毒。冠状病毒是自然界广泛存在的一大类病毒，除可感染人类外，还可感染蝙蝠、猪、犬、猫、貂、骆驼等多种动物。此次武汉发现的新型冠状病毒是一种以前尚未在人类中发现的β属新型冠状病毒。
目前有研究显示，该病毒与蝙蝠SARS样冠状病毒同源性达高达85%以上，因而推测，此次新型冠状病毒的可能来源于中华菊头蝠。可能是因为这种动物身上携带有大量病毒，如果非法逮捕、虐待杀生、或者乱吃野味等，就可能会感染上这种病毒，从而诱发新型冠状病毒肺炎。但这些都是科学家的猜测推断，对该疾病的原因尚需进一步研究论证。
目前确定，新冠肺炎传染源为新冠肺炎患者，无症状感染者也可能成为传染源，传播途径主要是通过呼吸道飞沫传播和接触传播，所以，在疫情防控期间，应做好个人防护，注意外出佩戴口罩，勤洗手、正确洗手等。