影响烘焙食品保质期的因素有很多，主要分为内在因素和外在因素。
内在因素包括：水分活度、PH值和总酸度、酸的类型、氧化还原电势、有效含氧量、菌落总数（菌落总数：菌落总数就是指在一定条件下（如需氧情况、营养条件、pH、培养温度和时间等）每克（每毫升）检样所生长出来的细菌菌落总数。菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。菌落总数的多少在一定程度上标志着食品卫生质量的优劣。）、在食品配方中使用防腐剂等等。
外在因素包括：在贮藏和分配过程中的相对湿度/温度/微生物控制、在加工工程中的时间（温度曲线关系）、包装过程中的气体成分、消费者的处理操作、热处理的顺序等等。
以上因素都可通过一些反应变化来影响食品的保质期，这些反应变化可以被简单地归纳为以下几类：
微生物的影响：在原料存储、食品加工的初始阶段微生物原始数量与种类、食品的物化性质以及生产加工过程中使用的处理方法等都会对微生物有所影响而改变产品保质期。
物理条件的影响：在对食品品质产生影响的物理作用中，水分迁移是一个比较大的影响因素。另外，包装材料的化学物质也可迁移到食品表面，而引起食品的污染，使食品的保质期降低。
化学条件的影响：许多变质能随着食品内部化学反应加剧而发生。如食品脂肪经常发生一些机理复杂的反应；在食品储藏过程中，酶的活动与非酶反应也可能导致食品褐变（褐变：食品在加工过程中或长期贮存于湿热环境下，其所含的氨基化合物如蛋白质、氨基酸及醛、酮等与还原糖相遇，经过一系列反应生成褐色聚合物的现象称为褐变反应，简称褐变。）使其保质期的改变。
环境变化产生的影响：温度的变化会导致食品的变质。有资料证明，在食品的适宜温度范围内，温度每升高10℃，化学反应速率约可加快1倍。